Los tribunales federales (Juzgados de Distrito y Suprema Corte) conocieron de juicios de amparo y causas penales en que se vieron involucrados Emiliano Zapata, líderes del movimiento zapatista, así como inculpados por los delitos de rebelión, detenciones, entre otros.
El Plan de Ayala, el Plan de Santa Rosa y otros documentos, dan cuenta de las demandas de justicia social y fines de la lucha zapatista.
A través del Diario de los Debates y los distintos decretos de reforma de los artículos 3, 27 y 123 de la Constitución Política federal, podemos reconocer el desarrollo y contenido de los derechos a la educación, la propiedad, los recursos naturales y el trabajo. En estos artículos de corte social se percibe el ideario de la lucha zapatista.
La Suprema Corte de Justicia de la Nación, así como los juzgados y tribunales del Poder Judicial de la Federación, protegen los derechos de las personas a través de sus resoluciones. Son ejemplo de lo anterior las resoluciones a favor de los derechos al agua, a la educación, a la propiedad ejidal, derechos sindicales y de pueblos indígenas, entre otros.